📄 systems biology

Targeting cancer-associated fibroblasts for treatment of ER+ breast cancer: A mathematical modeling perspective and optimization of treatment strategies

تستخدم هذه الدراسة إطاراً للنمذجة الرياضية ونظرية التحكم الأمثل لتوضيح أن استهداف الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان من خلال استراتيجيات تثبيط إشارات محددة يمكن أن يعزز بشكل كبير من فعالية العلاجات الهرمونية لسرطان الثدي الإيجابي لمستقبلات الإستروجين (ER+) عن طريق الحد من نمو الأورام غير المعتمد على الإستروجين.

Akman, T., Pietras, K., Köhn-Luque, A., Acar, A.2026-03-30
📄 systems biology

A Systems Framework for Quantifying Programmability and Persistence Across Mammalian Cell Types

تُوجز هذه المراجعة بيانات من أكثر من 50 مجموعة من الخلايا الثديية لتقديم "درجة القابلية للبرمجة والاستمرارية" (PPS) الموحدة وتحليل "جبهة باريتو"، مما يتيح الاختيار الكمي لأنواع الخلايا المثلى لمختلف التطبيقات الانتقالية عبر موازنة طول العمر، والترسخ، والقدرة المناعية، والمرونة تجاه الإجهاد.

Chauhan, V., Chen, M., Sridharan, A. T., Pan, L.2026-03-30
📄 systems biology

A Cohort-Based Global Sensitivity Benchmark of MRI-Derived Whole-Heart Electromechanical Models in Healthy Hearts

تضع هذه الدراسة معياراً مرجعياً للحساسية العالمية لنماذج القلب الكهروميكانيكية رباعية الحجرات الخاصة بالمرضى عبر خمسة أشخاص أصحاء، مما يثبت أن ظروف التحميل الهيدروديناميكي تهيمن باستمرار على مخرجات وظائف القلب بأكمله بغض النظر عن الاختلافات التشريحية بين الأفراد.

Rahmani, S., Pouliopoulos, J., W. C. Lee, A., Barrows, R. K., Solis-Lemus, J. A., Strocchi, M., Rodero, C., Qayyum, A. (…)2026-03-30
📄 systems biology

Glycan Reachability Analysis: A Bottleneck-Aware Frameworkfor Inferring Tissue-Specic Glycan Biosynthetic Potential fromTranscriptomics

تقدم هذه الورقة إطار عمل مدرك للاختناقات يسمى تحليل إمكانية الوصول إلى الغليكان، والذي يستنتج القدرة الكامنة لتخليق الغليكان الخاصة بالأنسجة من خلال علم النسخ عبر قياس قدرة المسار بناءً على المكون الأقل وفرة، مما يتغلب بذلك على قيود طرق العتبة الثنائية في التقاط التباين البيولوجي الكمي.

Matsui, Y.2026-03-27
📄 systems biology

MINGL Quantifies Borders, Gradients, and Heterogeneity in Multicellular Tissue Organization

يُعد MINGL إطاراً احتمالياً يحول توصيفات الجوار في علم الأوميكس المكاني المنفصلة إلى مقاييس مستمرة للبنية النسيجية، مما يتيح قياس التدرجات الخلوية، وتغاير الواجهات، والتفاعلات الهرمية عبر سياقات بيولوجية متنوعة.

Van Batavia, K., Wright, J., Chen, A., Li, Y., Hickey, J. W.2026-03-26
📄 systems biology

VIOLIN: A modular framework for scalable reconciliation of heterogeneous interaction graphs

تقدم الورقة البحثية VIOLIN، وهو إطار عمل برمجي بلغة بايثون (Python) نمطي وقابل للتهيئة، يعمل بشكل منهجي على التوفيق بين الرسوم البيانية المتباينة للتفاعلات الجزيئية المستخرجة من الأدبيات العلمية وبين النماذج المرجعية المنسقة عبر تصنيف العلاقات كتعزيز، أو تناقض، أو حالات مشبوهة، أو توسعات، مع إثبات استقرار عالٍ، وقابلية للتفسير، وتوافق مع التنسيق الخبير عبر مختلف أنظمة معالجة اللغات الطبيعية والنماذج اللغوية الكبيرة.

Luo, H., Hansen, C. E., Arazkhani, N., Telmer, C. A., Tang, D., Zhou, G., Spirtes, P., Miskov-Zivanov, N.2026-03-25
📄 systems biology

The Gibbs free energy landscape based on liver metabolome revealed thermodynamic robustness against fasting and obesity

من خلال رسم خريطة مشهد طاقة جيبس الحرة لاستقلاب الجلوكوز في كبد الفئران باستخدام طريقة حوسبة مبتكرة، تكشف هذه الدراسة أن العضو يحافظ على المتانة الديناميكية الحرارية ضد التحولات الاستقلابية الناتجة عن كل من الصيام والسمنة عبر تكاليف تعبير إنزيمي جوهرية تعمل على تخفيف تقلبات المستقلبات لضمان التبديل الاستقلابي الفعال.

Abekawa, T., Ohno, S., Hirayama, A., Soga, T., Kuroda, S.2026-03-25
📄 systems biology

NeighborFinder: an R package inferring local microbial network around a species of interest

تقدم الورقة البحثية NeighborFinder، وهي حزمة (R) فعالة تستنتج شبكات ميكروبية محلية متمحورة حول الأنواع وقابلة للتفسير باستخدام الانحدار المعاقب والمتقاطع التحقق، مما يوفر بديلاً مستهدفاً لطرق استنتاج الشبكات العالمية كثيفة الحوسبة لمجموعات البيانات الميتاجينومية الضخمة.

Sola, M., Paravel, A., Auger, S., Chatel, J.-M., Plaza Onate, F., Le Chatelier, E., Leclerc, M., Veiga, P., Frioux, C. (…)2026-03-25
📄 systems biology

A graph-based learning approach to predict the effects of gene perturbations on molecular phenotypes

تقدم هذه الورقة نهجاً عاماً قائماً على التعلم الآلي المعتمد على الرسوم البيانية يتنبأ بدقة بآثار اضطرابات الجينات على مختلف الأنماط الظاهرية الجزيئية، مما يوفر بديلاً منخفض التكلفة للفحص التجريبي الشامل من خلال الاستفضاء من البيانات الموجودة لتحديد الأولويات للأهداف، وافتراض الآليات، والتعميم عبر الجينات والأنماط الظاهرية غير المقاسة.

Jin, Y., Sverchkov, Y., Sushkova, A., Ohtake, M., Emfinger, C., Craven, M.2026-03-25
📄 systems biology

Barcoding biology: Chemotype predicts variation in genotype, physiology, and stress response

تُظهر هذه الدراسة أن الأنماط الكيميائية المستمدة من مطيافية الأشعة تحت الحمراء بتحويل فورير (FTIR) في ذبابة الفاكهة (*Drosophila melanogaster*) تعمل كمؤشرات تكاملية للتباين البيولوجي الناتج عن الجنس، والنمط الجيني، والتغذية، والعمر، حيث تتنبأ بنجاح بالاختلافات على مستوى الجماعة في الاستجابات للإجهاد.

Ibrahim, R., Gonzalez Jimenez, M., Booth, J., Sannino, D. R., Gemmell, A. O., Fernandes-Guerrero, I., Hadjipakkos, P., C (…)2026-03-25